Les deux Yugi ont appris à s'associer grâce aux combats. L'âme du Pharaon, c'est-à-dire l'autre Yugi, est appelée Yami Yugi dans les premières saisons (le Yugi des Ténèbres) car il ignore son nom tandis qu'elle appelle Yugi " Aibou " qui signifie "Partenaire ". Quoi qu'il en soit, l'âme du Pharaon ne se rappelle rien au sujet de son passé, pourquoi il a été scellé à l'intérieur du puzzle du millénium, quel est son vrai nom et ce qu'il va faire après. Ainsi, il doit combattre pour récupérer sa mémoire.
