Tout a commencé 5000 ans d'ici. Il y avait un pharaon nommé Yami qui dirigeait l'Égypte. Les Égyptiens jouaient un jeu de combat avec de vrais monstres. Mais à un moment donné, on ne pouvait plus les contrôler. Les monstres détruisaient des villages entiers. Avec de la magie, le pharaon a pu enfermer les monstres dans de tablettes en pierre. Le calme revenu. Avec le temps, des sorciers qui se rebellaient contre le pharaon ont appris comment contrôler les monstres. Ils voulaient détruirent le pharaon et prendre sa place. Ils le défiaient à un jeu de "duel". Le pire ennemi de Pharaon Yami était Seto. Après, Yami enferma les forces maléfiques dans 7 items du millenium (Millenium Item): millenium puzzle, millenium Rod, millenium ring, millenium necklace, millenium Key, millenium eye et le millenium scale... euh... ^^' c'est un genre de balance. Et le pharaon ne pourrait pas vaincre tous ses ennemis tout seul. Mais tout n'est pas encore terminé. Le destin veut que Yugi et Kaiba se confrontent encore une fois. Cette fois, ils le feront grâce à l'aide des Legendary God Monsters. Car il y a encore plus de défis et de dangers. Seto Kaiba veut vaincre à tout prix Yugi Muto pour devenir le meilleur duelliste et d'obtenir tous les God Monsters. Marek Ishtar veut le vaincre pour gagner son millenium puzzle et aussi son God Monsters pour diriger la Terre entière avec le pouvoir du Pharaon enfermé dans le Puzzle du Millenium. Il y a aussi l'esprit du millenium ring (Ryo Bakura) qui veut posséder tout le millenium items. Et il y a encore tant de secrets encore non révélés à Yami qui ne se souvient pas de tout du passé.
